Die Koordination des Leipziger Gesunde Städte-Netzwerkes liegt beim Gesundheitsamt. Die Initiativen, Vereine und Selbsthilfegruppen werden durch die Selbsthilfekontakt- und Informationsstelle vertreten.
Das Gesunde Städte-Netzwerk Leipzig agiert stadtweit und unterstützt unterschiedliche Akteure wie zum Beispiel Schulen oder Vereine bei gesundheitsförderlichen Projekten und Maßnahmen (Akteursebene).
Ebenfalls am Gesundheitsamt angegliedert ist die Koordinierungsstelle kommunale Gesundheit, die vor allem auf Stadtteilebene tätig ist und mit dem Projekt Gesundheit im Quartier die Ziele des Leipziger Netzwerkes unterstützt.
Der Koordinierungskreis Gesundes Leipzig ist das Steuerungsgremium des Leipziger Gesunde Städte-Netzwerkes. Im Gremium vertreten sind eine Vielzahl von Ämtern und Referaten der Stadtverwaltung, verschiedene Stadtratsfraktionen, mehrere gesetzliche Krankenkassen sowie Hochschulen und kommunal tätige Akteure wie beispielsweise die Bildungsagentur - Regionalstelle Leipzig, der Stadtsportbund Leipzig oder das Jobcenter Leipzig. Der Koordinierungskreis tagt zweimal pro Jahr und entwickelt gemeinsame Strategien für ein gesundes Leipzig.