Do zadań Centrum Zarządzania Projektami CM należy pomoc badaczom Uniwersytetu Jagiellońskiego – Collegium Medicum w procesie pozyskiwania środków i realizacji projektów finansowanych ze źródeł zewnętrznych, w szczególności z funduszy strukturalnych, programów Komisji Europejskiej, krajowych i zagranicznych programów badawczych, badawczo-rozwojowych, edukacyjnych, inwestycyjnych, i innych.

Dział merytorycznie podlega Pełnomocnikowi Rektora UJ ds. kształcenia i współpracy międzynarodowej w CM w zakresie wyjazdów zagranicznych oraz Zastępcy Kanclerza UJ ds. CM w zakresie wyjazdów krajowych.