一個以 Quarto 建置的開源教學書籍,教你如何善用 AI 輔助學習 R 語言,完成臨床研究統計分析 -- 從零開始,不需要程式背景。
按上面的 Open in GitHub Codespaces(或 Code → Codespaces → Create codespace on main), 瀏覽器就會開出一台已經裝好一切的機器:
- ✅ R 4.5 + 全部課程套件(gtsummary、ggplot2、survival⋯⋯)
- ✅ Quarto、中文字型、VS Code 的 R 支援
- ❌ 不用安裝任何軟體、不用等套件下載
打開之後請先看 START-HERE.md,三個步驟就能跑出第一張圖。
講師請先開啟 Codespaces 預建置(prebuild),學生的開機時間會從 10 分鐘降到 30 秒。 設定方式見
.devcontainer/README.md。
按 repo 首頁的 Use this template → Create a new repository, 你會得到一份完全屬於自己的副本(含資料、範本、環境設定), 可以放自己的研究資料、隨時開 Codespace 繼續做。
| 方式 | 要裝什麼 | 適合 |
|---|---|---|
| GitHub Codespaces(推薦) | 什麼都不用 | 課堂、臨時開機 |
| Posit.cloud | 什麼都不用(部分套件要自己裝) | 沒有 GitHub 帳號 |
| 本機 Positron / RStudio | R + Quarto + source("install.r") |
長期自用、資料不能上雲 |
| 資源 | 連結 |
|---|---|
| 書籍網址 | htlin222.github.io/learn-r-with-ai |
| GitHub 倉庫 | github.com/htlin222/learn-r-with-ai |
| 下載程式碼 | 點此下載 ZIP |
今天結束時,你將能夠:
- 把問題描述清楚,讓 AI 幫你寫程式
- 看懂 AI 給的程式碼大概在做什麼
- 當程式出錯,知道怎麼問 AI 修正
- 產出可以放進論文的表格和圖表
- 有一個可以重複使用的分析範本
- 我給你一個「任務」
- 你把任務描述貼給 AI(ChatGPT / Claude)
- AI 給你程式碼
- 你貼到 Codespaces / Positron / Posit.cloud 執行
- 我們一起看結果、理解發生了什麼
記住:你的工作是「問對問題」,不是「寫對程式」。
learn-r-with-ai/
├── .devcontainer/ # Codespaces 環境(R、Quarto、套件、中文字型)
│ ├── devcontainer.json # 環境定義
│ ├── setup.sh # 建立容器時自動裝好所有套件
│ └── README.md # 給講師:如何開啟預建置 prebuild
│
├── START-HERE.md # 學生入門:三步驟開始上課
├── my_analysis.R # 學生的分析範本(改最上面的設定就能換資料)
│
├── _quarto.yml # Quarto 書籍配置
├── _common.R # 全域 R 設定(字型、主題、knitr)
├── .Rprofile # 開啟專案時的 R 設定
├── install.r # 一鍵安裝所有套件
│
├── index.qmd # 前言
├── part1.qmd # 第一部分:快速入門(任務 1-5)
├── part2.qmd # 第二部分:讀取你的資料(任務 6-8)
├── part3.qmd # 第三部分:產出你的 Table 1(任務 9-14)
├── part4.qmd # 第四部分:畫出論文等級的圖(任務 15-19)
├── part5.qmd # 第五部分:統計檢定(任務 20-24)
├── part6.qmd # 第六部分:整合與收尾(任務 25-30)
├── appendix.qmd # 附錄:常見技術問題與解決方案
│
├── patient_data.csv # 主要教學資料(100 筆病人)
├── patient_data_for_survival.csv # 存活分析資料(100 筆)
├── patient_data_meta.csv # 統合分析資料(8 篇研究)
│
├── boxplot_los.R # 範例:盒狀圖腳本
├── multi_panel_plot.R # 範例:多面板組合圖
├── meta_analysis.R # 範例:統合分析
├── mission1.r # 範例:存活分析
│
├── references.bib # 參考文獻(BibTeX)
├── american-medical-association.csl # AMA 引用格式
├── presentation-complete.Rmd # 完整課程簡報
├── presentation-part1.Rmd # 第一部分簡報示範
├── styles.css # 簡報樣式
├── README.md # 本文件
└── LICENSE # MIT 授權
用 Codespaces 的話這一段可以跳過 — 環境已經幫你裝好了。
在本機建置需要:
- Quarto
- R(建議 4.4 以上),並執行
source("install.r") - IDE 選擇(任選一個):
- Positron - Posit 新一代 IDE
- Posit.cloud - 雲端開發環境(免安裝)
quarto render這將生成 HTML 和 PDF 版本的書籍在 _book/ 目錄中。
quarto preview這將啟動一個本地服務器來預覽書籍。
本項目包含 R Markdown 簡報文件,可以在 Positron / Posit.cloud 的 Presentation 標籤中使用:
-
開啟簡報檔案:
presentation-complete.Rmd- 完整課程簡報presentation-part1.Rmd- 第一部分示範簡報
-
在 Positron / Posit.cloud 中使用:
- 開啟
.Rmd檔案 - 點擊 Knit 按鈕
- 選擇 "Knit to HTML (ioslides)"
- 簡報會在 Presentation 標籤中顯示
- 開啟
-
簡報控制:
- 使用方向鍵切換投影片
- 按
f進入全螢幕模式 - 按
w切換到黑白模式 - 按
o顯示簡報概覽
本課程使用 patient_data.csv 檔案,包含以下欄位:
| 欄位 | 說明 |
|---|---|
patient_id |
病人編號 |
treatment |
治療組別(A 或 B) |
age |
年齡 |
gender |
性別(M 或 F) |
los |
住院天數(length of stay) |
講師:林協霆 日期:2025/12/05
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