let a = +prompt("Перше число?", "");
let b = +prompt("Друге число?", "");

alert( a + b );

Зверніть увагу на одиничний плюс + перед prompt. Це відразу перетворює значення в число.

В іншому випадку, a і b будуть рядками, і в результаті вони об'єднаються (конкатинуються), тобто: "1" + "2" = "12".